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主要有三類方法：

1、 單克隆環法：此類方法多用于整合率低的轉染方法或者需要得到單克隆細胞株的實驗。其優點在于工作量小，只需將轉染或者病毒載體感染后的細胞按照一定的細胞密度轉移至新皿中，并使用合適的藥物進行篩選，最后在克隆環的幫助下對單克隆細胞株進行挑選，并在新皿中完成擴增。

缺點在于需要對細胞密度和藥物濃度繪制致死曲線并選取合適的細胞密度和藥物濃度進行篩選，一些細小的密度和濃度差別都會導致難以獲取均一的單克隆，結果導致獲取的克隆不純，含有非整合的細胞。穩定整合的細胞在這樣一類混合細胞中，很快會失去生長優勢，最終導致失去穩定株。

2、 96孔單克隆稀釋法：此類方法同樣多用于整合率低的轉染方法或者需要得到單克隆細胞株以及篩選懸浮細胞穩定株的實驗。其優點在于，理論上可以得到非常均一的單克隆，同時可以篩選懸浮細胞穩定株。其缺點在于，工作量比較大。

3、 逆轉錄病毒混合克隆制備法：此類方法適用于需要制備混合穩定株。

優點在于可以在短時間內(1周)獲得穩定細胞株，同時也可以隨時將細胞稀釋轉移至新皿中獲得單克隆細胞株。缺點在于需要制備逆轉錄病毒載體。